這個(gè)階段的方舟子毀譽(yù)參半。一方面針對(duì)打著高科技旗號(hào)的商業(yè)欺詐屢有斬獲，另一方面，因傳統(tǒng)之名的風(fēng)水、中醫(yī)愛好者又對(duì)方舟子頗有怨言，展開集體圍攻。另一名老科普作家郭正誼還記得，實(shí)際上，當(dāng)時(shí)方舟子已經(jīng)面臨人身攻擊的威脅。“方舟子當(dāng)時(shí)在新華書店發(fā)布新書，頭天夜里，就有4個(gè)人摸到方舟子家門鬧去了。”
關(guān)于偽科學(xué)的爭論，陶世龍說，中醫(yī)、風(fēng)水，在中國民間有著強(qiáng)大的土壤。“(方)有些事不太策略，打擊面大一些。有些事情不能急，要一步步來。中醫(yī)的問題，100年來都沒解決，現(xiàn)在一下子也不能解決。要留給時(shí)間去解決。方舟子花了很大力量批評(píng)中醫(yī)，后來才漸漸少一些。我看他最近對(duì)中醫(yī)的看法就好多了。其實(shí)你抓唐駿、李一，這些社會(huì)效果更好。但是你不能這么要求方舟子。他自己接觸到看到什么就搞什么。如果都講究策略就不叫方舟子了�！�
那個(gè)說真話的孩子
“他就是一個(gè)喜歡說真話的人�！碧帐例堈f。也有人認(rèn)為方舟子是一個(gè)在沉默的大多數(shù)里，像安徒生童話中那個(gè)說皇帝沒有穿衣服的孩子。
北師大副教授田松學(xué)物理出身，在報(bào)社做過記者，“我接觸過有權(quán)威的科學(xué)家剽竊、偽造數(shù)據(jù)、壓制學(xué)生和同行的案例太多了，但是國內(nèi)媒體對(duì)此完全失語。在2000年前后，方舟子利用新語絲，對(duì)中國的基本學(xué)術(shù)道德提出批評(píng)，把這些事捅出來，在當(dāng)時(shí)起到了重要的積極作用�！钡�，田松認(rèn)為：“自從2005年以后，隨著國內(nèi)互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展，個(gè)人博客的興起，方舟子已經(jīng)不是不可替代的了。并且，由于方舟子的打假存在理論和實(shí)踐上的雙重問題。他的打假對(duì)于制度建設(shè)沒有幫助，打假與打人、公仇與私憤，在新語絲分不清；甚至對(duì)某些人無中生有。所以現(xiàn)在，方舟子的存在對(duì)于中國學(xué)術(shù)界來說，不僅毫無益處，而且有害。”
常在河邊走，哪能不濕鞋。在越來越多的打假中，方舟子官司纏身。彭劍稱，最多的時(shí)候“同時(shí)有幾個(gè)案子開庭”。后來新語絲專門成立了一個(gè)基金。彭劍稱，這筆錢主要用于支付因?yàn)榇蚣贁≡V引發(fā)的賠償。襲擊事發(fā)后，律師正在考慮為方舟子出行配備保安，但方舟子并沒有過多擔(dān)心，“該怎么做還是怎么做”。
突如其來的襲擊事件，多少改變了方舟子天馬行空的生活，按計(jì)劃，8月31日晚上，方舟子要到中關(guān)村出席一個(gè)IT界的活動(dòng)并發(fā)表關(guān)于互聯(lián)網(wǎng)的演說。到了下午，他臨時(shí)決定取消：“這個(gè)時(shí)候去顯然不太合適�！�
為了打假，遭遇肉體襲擊，還失去了自由活動(dòng)的樂趣，盡管有心理準(zhǔn)備，但是方舟子或許沒想到會(huì)付出如是代價(jià)。
劉華杰說，其實(shí)方舟子憑自己的才能，可以生活得很好，至少可以在高校或者研究機(jī)構(gòu)謀個(gè)職位，但是方選擇了打假。他認(rèn)為方舟子過得并不如意，連說， “可惜了�！眲⒄f：“寫稿能掙幾個(gè)稿費(fèi)？科普書在中國也不會(huì)是暢銷書。中國傳統(tǒng)社會(huì)是根本不講科學(xué)的。所以你可以感覺到方舟子宣傳科學(xué)，不是社會(huì)真正歡迎的東西�！�
方舟子的生活很簡單。開的是普通的豐田車，住的是二居室，物質(zhì)上沒什么很高的追求。他以前最希望擁有的奢侈品都是一些篇幅巨大或非常昂貴的書籍，包括《不列顛百科全書》、《牛津英語大詞典》、《明實(shí)錄》和二十四史，曾經(jīng)在圖書館看到一直想有一套，但買不起也擺不下。
方舟子的作息習(xí)慣是下午睡覺，晚上工作。和“消滅中國傳統(tǒng)文化”的指責(zé)相反，方舟子對(duì)傳統(tǒng)的陳氏太極拳很有研究，幾乎每天習(xí)練，身手還算敏捷，所以在此次襲擊時(shí)得以僥幸脫身。
方舟子多次表示，自己其實(shí)不愿意打假，最大的愿望，是重新翻譯一遍《進(jìn)化論》。他說：“說實(shí)話，我有時(shí)候感到沮喪，因?yàn)樵趯W(xué)術(shù)領(lǐng)域的打假，即使證據(jù)確鑿，一旦涉及到體制內(nèi)的打假，很多都不了了之�！倍抡Z絲被屏蔽，只能通過鏡像閱讀，也被看作不被體制支持的例證。
但是已然欲罷不能。從最早打?qū)W術(shù)腐敗，后期方舟子的打假范圍擴(kuò)大至公眾人物，如唐駿、李一。方舟子開了微博，和新語絲并肩作戰(zhàn)，刀鋒過處如切瓜剁菜。幾乎每一次打假都給方舟子帶來新的聲望，但是危險(xiǎn)也在悄然擴(kuò)大和逼近。好心人也在提醒方，“戰(zhàn)線拉得太長了”，但是方舟子的微博上的留言將他的個(gè)性展露無遺：沒有興趣聽取關(guān)于為人處世的任何忠告。
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